<이라이프>에 실린 이 기사는 제목을 딱 보는 순간 번역해야겠다는 생각이 들었다. 짧은 내용이라 전문을 번역한다. 귀찮아서 각주는 생략.

석기 사용: 원숭이가 조개를 남획하다

초록
태국의 마카크원숭이들이 석기를 사용한 결과 해안 조개류의 크기와 군집 밀도가 감소했다. 기존에는 남획 효과가 오직 인간 활동에 의해서만 일어난다고 여겨졌다.

본문
동물들은 도구를 사용함으로써 구조상 (예컨대 껍질이나 뼈로) 보호되어 있거나 숨어 있는 음식을 좀 더 쉽게 얻을 수 있고, 그 결과 식단의 범위를 더 넓힐 수 있다. 도구의 사용은 또한 일반적으로 먹이 획득 효율의 증가와 연관된다. 인간이 사용했던 일부 사냥 및 어획 도구들은 매우 효율적이었기에 먹이가 되었던 생물종의 지역적, 더 나아가 심지어 광역적 멸종을 초래하기도 했다.

도구를 사용한 인간의 음식 채취는 다양한 방식으로 먹이 종의 생물학에 영향을 미쳤다. 남획은, 특히 더 큰 개체들이 채취 대상이 되는 경우에, 피획 집단의 구성원들이 그렇지 않은 집단에 비해 평균적으로 더 어리고 작아지는 효과를 불러오는데, 이는 특히 (많은 조개 종의 경우와 같이) 일생 동안 성장하는 종에서 잘 나타난다. 크기에 따라 선택하는 인간의 음식 채취나 취미 사냥은 진화상 변화를 일으키기도 하는데, 즉 영향 받는 먹이 집단에서 더 작은 몸 크기를 만들어내는 유전적 변이형들이 급속도로 보편화되는 것이다.

생물학자들은 인간의 채취 압력에 따른 이러한 효과의 많은 예를 찾아 정리해왔고, 이러한 활동의 고고학적 기록은 최소한 과거 5만 년 전으로 거슬러 올라간다. 이 기록은 특히 조개류에서 자주 나타나는데, 이는 시간에 따른 크기의 변화를 선사시대 패총 유적의 여러 층에서 모은 조개 껍질로부터 정량화할 수 있기 때문이다.

제인 구달(Jane Goodall)이 침팬지가 나뭇가지를 다듬어서 흰개미를 '낚는' 데 사용하는 것을 관찰하기 전까지, 도구의 사용은 인간만의 특성으로 여겨졌다. 행동과학자들은 그 때로부터 다양한 다른 영장류들(예를 들어 오랑우탄, 마카크원숭이, 흰목꼬리감기원숭이) 및 비영장류들(예를 들어 까마귀와 돌고래)이 (실수가 아니라) 상습적으로 도구를 사용하는 구체적인 증거들을 모아왔다. 이제 Lydia Luncz와 동료 연구자들은 인간이 아닌 동물이 도구를 사용해 남획하는 과정을 <이라이프>에 최초로 보고한다.

태국의 카오 쌈 러이 욧(Khao Sam Roi Yot) 국립 공원의 섬 두 개에 거주하는 필리핀원숭이(Macaca fascicularis)는 석기를 사용해 해안에 분포하는 굴과 다른 조개류의 껍질을 부수고 열어서 속살을 얻는다. 자연 실험을 기회로 삼아, Luncz et al.은 코람 섬(Koram island)과 놈싸오 섬(NomSao island) 사이의 조개 크기와 석기 사용의 차이점을 연구했다. 코람 섬에는 스물여섯 마리의 원숭이가 1551 m에 달하는 해안을 따라 분포하는 조개를 석기를 사용해 처리하는 반면(한 원숭이당 55.4 m의 해안), 놈싸오 섬에는 겨우 네 마리의 원숭이가 653 m의 해안에서 조개를 채취한다(한 원숭이당 163.3 m). 따라서, 두 섬에 분포하는 조개의 생태 조건은 매우 유사한 반면, 코람 섬의 조개들은 놈싸오 섬의 조개들에 비해 약 세 배 정도 자주 공격 받는 것이다.

Luncz et al.은 코람 섬의 여러 먹이 조개 종들이 놈싸오 섬의 종들에 비해 유의미하게 작은 군집 밀도와 평균 크기를 가진다는 것을 발견했다. 예를 들어, 코람 섬의 굴은 놈싸오 섬의 굴에 비해 평균적으로 약 60%의 크기를 가진다. 이 크기 차이는 진화상 유전 과정의 결과라기보다 생태 역사의 차이로 인한 결과로 보이는데, 이는 두 섬에서 비슷한 성장 시기에 있는 조개들은 비슷한 크기를 갖는 반면, 코람 섬에서는 생식이 가능한 성체 수가 훨씬 적기 때문이다.

놀랍게도, 코람 섬의 원숭이들이 (더 작은) 조개를 처리하기 위해 사용하는 돌들은 놈싸오 섬의 원숭이들에 비해 유의미하게 더 작은데, 심지어 코람 섬에는 놈싸오 섬보다 작은 돌이 상대적으로 더 적게 분포함에도 그렇다. 이 결과는 남획 자체로 인해 기술의 진보가 일어나는 예를 분명하게 보여준다. 즉, 도구를 사용하는 원숭이들에 의해 상대적으로 더 자주 채집이 일어나면, 해당 지역 조개들의 크기가 평균적으로 더 작아지고, 이로써 더 작은 도구를 사용할 필요가 생긴다. (그리고 이로써 조개 크기는 더 작아지는 방향으로 진화할 것이다.) 비슷한 되먹임 고리가 인간 사냥-채집의 기술 진보를 불러왔다고 여겨졌다.

이제 도구를 사용한 남획이 인간-먹이 상호작용에서만 나타나는 것이 아님을 알았다. 향후 연구에 있어 중요한 방향은 다른 필리핀원숭이 군집 및 도구를 사용하는 다른 생물종들의 채집 활동이 유사한 생태 변화를 불러오는지 살펴보는 것이다. 또한 이 연구로 인해, 비인간 생물종들의 도구 활용 채집 행동에 대한 반응으로서 먹이 종에 미치는 보다 장기적인 진화적 효과도 더욱 활발히 연구될 것이다. 다양한 비인간 영장류의 도구 사용에 관한 고고학적 기록은 과거 4,300년 전까지 거슬러 올라가므로, 여기가 연구의 좋은 시작점이 될 것이다.
이번 주 <사이언스>에 실린 단백질 연구 소개글. 단백질 품질 관리(protein quality control; PQC)라고 하면 세포 내에서 정상적인 단백질의 양을 일정하게 유지하기 위해 생성 과정과 파괴 과정을 조절하는 것을 말하는데, 당연히 다양한 요소가 그 조절 과정에 참여한다. 그 중 특별한 녀석을 찾아낸 모양이다.

단백질 품질 관리의 새로운 진보

세포의 단백질체는 단백질 항상성(proteostasis)으로 알려진 단백질 합성과 분해 사이의 동적 평형에 의해 유지된다. 단백질 항상성을 성공적으로 유지하기 위해서는 품질 관리 경로(quality control pathway)를 통해 잘못 접힌 단백질을 찾아서 제거하는 것이 반드시 필요하다. 전사 오류, 접힘 오류, 나이가 들어서 생기는 손상, 화학적 손상에서 발생하는 단백질들과 고아 단백질들(여러 단백질로 구성된 복합체에서 구성요소 간의 비율이 맞지 않아서 생기는 단백질들)은 전부 세포에 쌓여 독성을 띠지 않도록 여러 분해 경로의 목표가 된다[1]. 분해를 통한 품질 관리의 놀라운 성질 중 하나는 각 경로가 매우 넓은 범위의 반응물을 다룰 수 있는 동시에 정상 단백질의 잘못 접힌 버전들을 정확히 찾을 수 있다는 것이다. 이번 호의 472쪽과 471쪽에서, 각각 Yanagitani et al.[2]과 Nguyen et al.[3]은 새로 발견된 품질 관리 경로가, 상대적으로 "세포 상태의" 그물 적혈구가 고도로 전문화된 헤모글로빈 풍부 적혈구로 분화되는 과정[4, 5]에서 관찰되는 단백질체 구성의 전면적인 변경을 일으키는 데 사용된다는 것을 보인다.

그림: 고아 단백질을 분해하기


Nguyen et al.은 그물 적혈구(적혈구의 전구체)의 분화 과정에서 일어나는 극적인 분해 리모델링의 기저에 있는 메커니즘을 해독하고자 했다[3]. 이 리모델링 과정 중에 리보좀 및 다양한 그물 적혈구 단백질이 사라지는데, 그럼으로써 산소를 나르는 데 최적화된, 고도로 전문화되고 단순화된 단백질체(98%가 헤모글로빈으로 이루어짐)가 만들어진다. 이 연구진의 시작점은 UBE2O에 해당하는 유전자의 상염색체 열성 대립 유전자를 찾아내는 것이었는데, 이 열성 대립 유전자는 쥐에서 빈혈을 일으킨다. UBE2O는 보통 목표 단백질에 유비퀴틴을 붙이는 일을 수행하는 E2 유비퀴틴 접합 효소로, 흥미롭게도 적혈구 분화 과정에서 과발현된다. UBE2O를 발현하지 않는 그물 적혈구(ube2O-/-)를 사용하여, 이들은 (헤모글로빈의 구성 요소인) 고아 α 글로빈이 프로테아좀에 의해 분해될 수 있도록 UBE2O가 고아 α 글로빈에 여러 개의 단분자 유비퀴틸기를 붙인다는 것을 찾아냈다.

이 연구진은 또한 리보좀 단백질(여러 개의 리보좀 단백질이 모여 단백질을 만들어내는 리보좀 복합체를 형성한다)이 UBE2O의 주된 반응물임을 알아냈다. 야생형과 ube2O-/- 그물 적혈구의 체외(ex vivo) 배양액으로부터, (그물 적혈구가 분화되어 적혈구를 만드는 과정의 후반부를 특징 짓는) 리보좀의 소멸은 UBE2O와 프로테아좀 둘 다의 활동 때문임이 밝혀졌다. 따라서 UBE2O의 이러한 활동의 결과, 그물 적혈구 안에 이미 존재하는 단백질들은 분해되고, 적혈구에서 관찰되는 바 (리보좀에 의해 매개되는) 단백질 형성은 하향조절된다. 게다가, UBE2O의 과발현만으로도 적혈구가 아닌 세포들에서 리보좀 분해가 일어난다. 시험관(in vitro) 생화학 데이터는 UBE2O가 반응물 인식 능력이 있음을 지지하는데, 이 능력은 대개 E3 유비퀴틴 연결 효소가 보이는 것이다. 이 연구는 이 효소 하나가 다양한 단백질의 파괴 과정에서 갖는 중요성을 명백하게 보였으며, UBE2O이 다양한 반응물을 정확하게 인식하는 능력은 품질 관리 경로 또한 보이는 특성이다.

UBE2O와 품질 관리 사이의 관련성은 Yanagitani et al.에 의해 수립되었다. 이러한 경로들 너머의 메커니즘을 이해하려는 노력의 일환으로, 연구진은 세 개의 아르지닌 잔기가 삽입된 막 투과 단백질(transmembrane protein)에 해당하는 인공 기질에 유비퀴틸기가 부착되었는지 확인하는 무세포 검사법(cell-free assay)을 개발했다. 이 기질은 이전에 알려진 많은 품질 관리 분자 기계 중 어느 것에도 반응하지 않았다. 그 대신, UBE2O가 (E1 효소, 유비퀴틴, ATP가 있는 환경에서) 이 인공 기질 뿐 아니라 다른 잘못 접힌 단백질들을 인식하고 유비퀴틸기를 부착하는 필수충분조건임이 밝혀졌다. 이 놀라운 E2 유비퀴틴 접합 효소는 또한 특이성을 불러오는 E3 연결 효소인 것 같았다. 후속 시험관 연구에서 UBE2O의 보존된 도메인들이 단백질의 소수성 영역을 인식하는 넓은 범위의 능력을 가지고 있고, 그 결과 이곳에 여러 개의 단분자 유비퀴틴이 부착된다는 것이 밝혀졌다. Nguyen et al.과 마찬가지로, 이들은 UBE2O이 고아 α 글로빈에 유비퀴틴을 부착한다는 것을 찾아냈다. 이들은 또한 새로 만들어진 리보좀 단백질들이 핵으로 수송되어 리보좀 구성요소에 포함되지 않는다면, 분해될 수 있도록 UBE2O에 의해 인식되어 유비퀴틴이 부착된다는 것을 알아냈다.

이 두 가지 연구는 모두 UBE2O가 자체적으로 많은 종류의 반응물에 유비퀴틴을 부착하여 프로테아좀이 그들을 분해할 수 있게 할 수 있는 독보적인 E2 효소임을 보였다. UBE2O에 의해 매개되는 여러 단분자 유비퀴틴화 과정의 대상 단백질들에서 공통적으로 발견되는 "신호"는 염기성과 소수성 아미노산들이 연속해서 존재하는 서열로, 고아 단백질 요소가 자주 보이는 노출된 결합 표면에 많이 나타난다. 흥미롭게도, 이러한 고아 단백질들은 만들어진 초기 몇 시간은 불안정하나 시간이 지남에 따라 안정화된다[6]. 이 관점에서 볼 때, UBE2O는, E2 유비퀴틴 접합 효소와의 분명한 상동성에도 불구하고, 그 대상을 찾는데 어댑터나 샤페론 단백질 없이 기능할 수 있는 품질 관리 유비퀴틴 E3 연결 효소의 일종에 속한다[7]. 사실, UBE2O의 생리적 혹은 인위적 과발현은 방대한 단백질체 리모델링을 일으킨다. 이러한 성질이 다른 품질 관리 요소들과 공유되는지, 그리고 품질 관리가 단백질체 리모델링과 분화 경로에서 보다 일반적으로 사용되는지와 같은 질문들은 미래의 연구가 나아갈 중요한 길이다.

UBE2O와 다른 품질 관리 경로들의 더 깊은 이해는 세포의 건강을 향상시키도록 단백질체를 변형하는 새 치료법을 개발하는 데 도움을 줄 것이다. 혈액 질환인 β 지중해 빈혈(헤모글로빈 발현이 감소)에서 관찰되는 α 글로빈 응집체를 제거하는 것이 한 가지 예이다. 세포가 이러한 경로들을 변경하는 법을 배우고, 우리가 같은 일을 할 수 있는 방법을 찾아내는 것은 기초의학 및 중개의학의 놀라운 잠재력을 가지고 있다[8, 9].
이번 <이라이프(eLife)>에 실린 흥미로운 논문 소개글. 유전의 세계는 넘나 심오한 것!

유전: 멘델을 속여먹는 유전자군

초록
wtf 유전자군에 속한 일부 대립유전자(allele)들은 다른 대립유전자를 죽이는 독극물과 자신들을 살리는 해독제를 이용하여 자신들이 퍼져 나가는 확률을 늘릴 수 있다.

본문
눈의 색깔로부터 특정 질환을 가질 확률에 이르기까지 각 개체가 갖는 형질들은 많은 경우 유전자를 통해 부모로부터 그 자식에게 전달된다. 인간과 같은 이배체 생물의 경우, 대부분의 세포는 각 유전자에 대해 두 쌍의 사본(대립유전자)을 갖고 있다. 이 규칙의 예외는 생식세포(정자와 난자)로, 하나의 대립유전자만을 갖고 있다. 멘델의 유명한 분리의 법칙에 따르면, 생식세포의 절반은 특정 유전자의 대립유전자 한 쪽을, 나머지 절반은 나머지 한 쪽을 가진다. 따라서 모친의 대립유전자 양쪽은 모두 자식에게 전달될 확률이 동일하며, 이는 부친의 경우에도 마찬가지다.

하지만, 일부 대립유전자는 멘델의 법칙을 거역하고 동일한 대립유전자를 갖지 않은 생식세포를 죽임으로써 자신들이 다음 세대에 전달될 확률을 증가시킬 수 있다. 이런 식으로 행동하는 대립유전자를 지닌 유전자는 식물과 균류 뿐 아니라 인간을 포함한 동물에서도 발견되었고, 이들은 얌체 운전자(selfish driver), 생식세포 살해자, 포자 살해자 등 다양한 이름으로 불리고 있다.

얌체 운전자에는 다양한 종류가 있고, 그들이 어떤 식으로 행동하는지는 많은 부분이 아직 불분명하나, 그럼에도 그들이 다른 세포를 죽이는 방식을 기준으로 일반적인 분류를 세울 수 있다. '독극물-해독제' 모형에서, 얌체 운전자는 독극물을 만들고, 이 독극물은 독극물의 효과로부터 보호해 주는 해독제가 없는 모든 생식세포를 죽인다(그림 1A와 B). 반면 '살해자-목표물' 모형에서는, 얌체 운전자는 특정 목표 유전자를 가진 생식세포만을 죽이는 독극물을 생산한다(그림 1C).

[그림 1] 얌체 운전자의 독극물-해독제 모형과 살해자-목표물 모형
두 모형 모두에서, 특정 대립유전자는 다음 세대로 전달될 확률이 더 높은데, 이는 그 대립유전자를 갖지 않은 생식세포를 죽이는 독소를 만들기 때문이다. (A, B) 독극물-해독제 모형에서, 세포는 해독제(알약 모양)로 중화시킬 수 있는 독소(해골 모양)를 생산한다. 두 물질을 모두 생산하지 못하는 대립유전자는 회색으로 표시되었다. 단일유전자 모형(A)에서는 동일한 유전자가 대체 전사(alternative transcription)를 통해 독극물과 해독제를 모두 부호화한다. Nuckolls et al.은 유전자 wtf4Schizosaccharomyces 효소 안에 있는 얌체 운전자임을 보인다. Hu et al.wtf 유전자군의 다른 유전자 두 종류(cw9cw27)도 역시 얌체 운전자임을 보였다. 이중유전자 모형(B)에서는 독극물과 해독제를 생산하는 유전자가 서로 다른데, 균류인 Neurospora에서 이와 같은 예를 찾을 수 있다(Hammond et al., 2012). (C) 살해자-목표물 모형에서, 독소는 특정 표지(검은 동심원 모양)를 가진 대립유전자를 포함하고 있는 세포만 파괴한다. 이것이 초파리 Drosophila의 경우로, 여기서는 분리 왜곡 대립유전자(Sd; segregation distortion)가 반응자(Rsps; Responder) 표지를 가진 생식세포를 죽인다(Larracuente and Presgraves, 2012).

얌체 운전자가 진화해 온 과정과 작용하는 방식을 이해하기 위하여, Sarah Zanders와 Harmit Malik이 이끄는 연구팀과 Li-Lin Du가 이끄는 연구팀은 두 종의 효모, Schizosaccharomyces kambuchaS. pombe를 연구했다. 이 두 종은 유전적으로 거의 동일하고, 심지어 어떤 연구자들은 이 둘을 별도의 종으로 보지 않기도 하나(Rhind et al., 2011), 둘의 교배종은 생식 능력이 없는 경우가 많다. 이전의 연구에서, Zanders와 동료 연구자들은 S. kambucha 안에 이 교배종의 생식 능력을 제거하는 얌체 운전자가 최소한 세 종류 존재한다는 것을 보였다(Zanders et al., 2014).

이들 얌체 유전자들의 유전적 정체를 드러내기 위해, Zanders와 Malik의 연구팀은 얌체 운전을 일으키는 염색체 상의 영역을 찾아냈다(Nuckolls et al., 2017).
이 영역 안에서, 이들은 wtf4라는 이름의 얌체 운전자 유전자를 찾아냈다. 이 유전자는 건방진 이름을 갖고 있는 큰 유전자군의 일원으로, 독극물과 해독제를 모두 만들어 낸다. 근본적인 메커니즘을 자세히 살펴보기 위해, Nuckolls et al.은 독극물과 해독제의 형광 버전을 만들어 생식세포 내부와 주변에서 이들이 어떻게 분포하는지 조사했다. 이 아름다운 실험에서 wtf4의 독극물 분자는 고향 세포를 떠나 주변 세포들로 들어갈 수 있는 반면, 해독제 분자는 그를 만든 세포 안에 갇혀 있음이 드러났다.

이와는 독립된 연구로서, Du와 동료들은 wtf 유전자군에 속한 두 가지 다른 유전자, 이름하여 cw9cw27S. pombe의 여러 계통 사이에서 마찬가지로 독극물-해독제 모형을 사용하는 얌체 운전자임을 알아냈다(Hu et al., 2017). 이들은 cw9cw27의 대립유전자 양쪽을 모두 갖고 있지 않은 변이 이배체 세포주가 그 두 유전자에 대해 한쪽 대립유전자씩만 갖고 있는 세포주에 비해 더 많이 살아남는다는 것을 발견했고, 이는 이 두 유전자가 모두 얌체 운전자임을 암시한다. 이들이 cw9cw27 각각에 대해 한쪽 대립유전자만 갖고 있는 이배체 변이체를 만들었을 때, 이 효모 세포주는 두 유전자 중 하나의 한쪽 대립유전자만 없는 세포주에 비해 더 살아남기 힘들었다. 이는 이 두 유전자가 서로를 돕지 않고, 세포의 생존률에 독립적으로 작용함을 의미한다.

다른 세포들을 죽일 수 있는, 같은 유전자군에 속한 유전자들을 찾아냄으로써, 그리고 그들의 행동 양식을 조사함으로써, 이 두 연구팀의 연구는 멘델이 주장한 유전 법칙을 위배하는 유전자들에 대한 우리의 이해를 증진시킨다. 향후 이 분야의 연구로 인해 우리는 이기적 유전요소들이 유전적 다양성에 미치는 충격을 이해할 수 있을 것이고, 이로써 식물, 균류, 동물, 심지어 인간과 같은 다양한 종에서 이와 같은 메커니즘이 불임과 같은 조건들에 미치는 영향을 더 깊이 이해하게 될 것이다.
지도교수님이 필자 중 한 명으로 참여한 <네이처 화학생물학(Nature Chemical Biology)> 논평. 이건 우리 분야니까 논문을 전부 다 번역해 본다. 분류를 어떻게 할까 하다가, 단백질 과학은 물리학-화학-생물학 모두를 포괄하는 킹왕짱이니까 내 맘대로 따로 분류를 만들었다 -_-v

단백질 내의 질서와 무질서 동시에 측정하기

초록
핵자기공명 분광학(NMR; nuclear magnetic resonance)은 단백질의 구조와 움직임이 얼마나 서로 긴밀하게 연결되어 해당 단백질의 기능과 상호작용의 기초가 되는지를 밝혀냄으로써 단백질을 바라보는 우리의 관점을 변화시키고 있다. 단백질을 통계적 모음으로 보는 관점은 구조적으로 불균일한 상태들의 존재 및 생물학적 가치를 드러내고 있고, 그 결과 질서와 무질서 사이의 이분법을 넘어 그 사이의 연속성을 더 정량적으로 묘사할 수 있도록 해준다.

서론
무질서한 단백질(disordered protein)은 인간 단백질체의 1/3을 구성하고 있고, 유전자 조절과 신호 전달에 중요한 역할을 한다고 알려져 있다. 무질서한 단백질이 발견되기 전까지 단백질은 각 원자들의 좌표가 거의 정확하게 정의될 수 있는, 잘 정의된 자연 상태 구조로 접힌다는 생각이 과학계를 지배하고 있었지만, 무질서한 단백질의 발견으로 이 오래된 패러다임이 크게 흔들렸다. 이 발견 이후 '질서'와 '무질서'라는 용어가 대비되어 사용되었는데, 돌이켜 생각해보면 단백질의 움직임을 완벽하게 알아낼 수 있는 기술이 없다는 것이 그 양극화의 주된 원인이었다. 단백질의 무질서는 초기에는 '구조의 부재'로 정의되었는데, 이는 예를 들어 X선 결정학으로 결정된 자연 상태 구조에서 좌표값이 결정되지 않은 구역들과 같은 개념이었다. 이러한 정의에 따르면 질서와 무질서는 상호 배타적이어야 하나, 실제로 단백질의 구조와 움직임은 서로 밀접하게 연관되어 이 분자들의 기능에 중요한 역할을 수행하기에 두 개념이 꼭 상호 배타적이라고 볼 수는 없다.

이 논평에서, 우리는 이 인위적인 질서-무질서 이분법을 점차 대체할 수 있도록 단백질의 구조와 움직임을 동시에 결정할 수 있는 방법론들, 구체적인 예로는 핵자기공명(NMR) 분광학 기법들이 개발되어 온 역사를 논의한다. 우리는 이와 같이 구조와 움직임에 관한 더 정량적인 묘사들을 소개함으로써 단백질 거동에 내재되어 있는 분자 메커니즘에 관한 강력한 통찰력을 제공하게 되리라 기대한다.

질서-무질서 연속체
단백질의 자연 상태는 완전히 질서 있는 상태로부터 거의 완전히 무질서한 상태에 이르기까지, 그 중간 단계들까지 다 포함하여 존재할 수 있다는 것이 점차 증명되고 있다(그림 1). 허나 구조 데이터로부터 그 기능을 해석해 낸다는 것은 쉽지 않다는 것이 점차 일반적으로 받아들여지고 있는데, 이는 대부분의 현대 실험 방법론들은 단백질의 움직임을 아직 잘 기술하지 못하기 때문에 용액 속에서 존재 가능한 통계적 모음 안에서 가장 대표적인 '정적' 구조만 찾아내기 때문이다. 한편, 속도론적 단백질 결정학과 통합 구조 생물학(구조 결정에 사용되는, 다양한 상호보완적인 방법론들을 결합하는 접근법)의 발전으로 인해, 피코초에서 나노초 정도의 시간 수준에서 수집된 상태들을 원자 수준의 해상도로 기술할 수 있게 되었다(보충설명 1). 이러한 접근법들로부터, 저온에서 단단히 뭉친 결정 구조로 존재하는 많은 단백질들이 실제로는 매우 동적이며, 특히 기능, 상호작용, 다른 자리 입체성 조절(allosteric regulation)에 중요한 부분일수록 그렇다는 것이 증명되었다. 게다가, 무질서 단백질에서 주로 나타나는, 더 큰 규모로 더 긴 시간 동안 일어나는 움직임을 정확히 묘사할 수 있는 기술들에 대한 필요가 점차 증가하고 있다(보충설명 1). 이 방향으로 진보가 일어날수록, 단백질의 질서와 무질서 사이의 이분법은 점차 이 두 극단 중간의 다양한 상황들에 관한 정량적인 묘사로 대체될 것이다.

[그림 1] 단백질의 구조와 움직임은 구조의 통계적 모음을 통해 효과적으로 기술된다.

(a) 메타추론 방법론으로 계산된 인간 프리온 단백질 구조의 통계적 모음. (b) δ2D 방법으로 계산된 NMR 화학적 이동으로부터 결정된, 이에 대응하는 2차 구조 분포(BMRB ID 4402). (c) PODD 데이터 집합에 있는 모든 잔기에 대한 α 나선과 β 가닥 분포의 산포도. 점선 사각형은 한 가지 이상의 2차 구조를 갖는 불균일한 영역의 잔기들을 표시한다. (d) 무질서 여부를 예측하는데 흔히 사용되는 서열 정보 기반 방법론들(x축)의 균형 정확도(balanced accuracy)를 나타낸 막대 그래프. 사용된 데이터는 생리적 조건 하의 단분자 단백질들에서 측정된 화학적 이동에 대응하는 PODD 데이터 집합의 일부이다. 이 패널에서 단백질의 각 영역은, 만약 최소한 L개의 연속한 잔기(범례와 같이 L = 1, 10, 20, 30)의 α 나선과 β 가닥 분율이 모두 0.5보다 작다면 무질서한 것으로 정의되고, 그 외에는 질서 있는 영역으로 정의된다. s2D 방법론의 막대는 회색으로 표시되었는데, 이는 데이터 집합의 일부 서열이 훈련 집합(training set)에서 사용되었기 때문이다.

[보충설명 1] 단백질 구조의 통계적 모음
통계역학에서 통계적 모음(ensemble)은 시스템의 모든 상태들을 각 상태로 존재할 확률까지 포함하여 모은 집합으로 정의할 수 있다. 이러한 방식으로 기술하는 것은 시험관 내에서나 생명체 내에서 모두 수용액 상태에 있는 단백질을 기술하기에, 최소한 그들이 변화(예를 들어 화학 반응)를 겪지 않을 때만큼은 적절하다. 이 관점을 취하면, 단백질 구조의 통계적 모음은 그 가능한 구조들의 확률 분포로 정의할 수 있고, 각 구조는 여러 가지로 정의될 수 있다. 예를 들면, 원자 좌표들로 정의될 수 있고, 혹은 자연 상태의 잔기간 접촉 정보나 2차 구조 요소들로 정의될 수도 있다. 평형 상태에 있는 구조의 통계적 모음에서, 단백질의 가능한 상태는 볼츠만 가중치(exp[-E/kBT]/Z)에 따른 확률로 존재한다. 여기서 E는 상태의 에너지, T는 온도, kB는 볼츠만 상수, 그리고 Z는 분배 함수로서, 볼츠만 가중치는 엔트로피 최대화와 에너지 최소화의 균형으로부터 도출된다. 따라서, 이 시스템 하에서, 무질서한 영역들은 단순히 무작위적인 구조와는 무척 다르다는 것을 알 수 있는데, 이는 대부분의 경우 실제 존재할 수 있는 많은 구조들이 갖는 통계적 가중치가 각 구조의 에너지에 따라 매우 달라지기 때문이다. 이 논평 속에서, 우리는 '단백질 동역학'이라는 용어로써 단백질이 구조의 통계적 모음 안에서 존재함을 가리킬 것이고, 주로 단백질의 평형 성질들을 가리킬 것이다('평형 동역학'). 그리고 비평형 성질들은 시스템이 가질 수 있는 상태들 간의 전이율에 관한 지식이 있어야 정량화가 가능하므로 가볍게 지나가며 다루기만 하겠다.

이 그림은 구조의 통계적 모음을 모델링하기 위해 사용할 수 있는 다양한 방법들로 측정되는 서로 다른 시간 차원(x축)과 길이 차원(y축)을 보여준다(윗부분). 분자동역학(MD; molecular dynamics) 방법론들은 붉은 배경 안에 표시하였다. X선 결정학과 전자 현미경(EM; electron microscopy) 역시 단백질이 가질 수 있는 여러 상태들을 조사하는 데 사용될 수 있다. 소각 X선 산란(SAXS; small-angle X-ray scattering)과 소각 중성자 산란(SANS; small-angle neutron scattering), 그리고 원자 힘 현미경(AFM; atomic force microscopy)과 광 집게(optical tweezer) 역시 밀리초 이하의 시간 차원에서 동역학을 검출할 수 있고 큰 복합체의 다양한 구조들을 찾아낼 수 있다. 또한 본문에서 다뤄지는 다양한 NMR 기법들을 통해서 검출할 수 있는 다양한 시간 차원 역시 표시하였다(아랫부분). CS는 화학적 이동(chemical shift), RDC는 잔기 이극 결합(residual dipolar coupling), CPMG는 Carr-Purcell-Meiboom-Gill의 줄인 말이다.

NMR 분광학의 발흥
최근 가장 흥분되는 구조생물학의 발전 중 하나는 NMR 방법론으로 단백질의 구조 요동을 정량적으로 측정할 수 있게 된 것으로, 이로써 단백질의 질서와 무질서를 동시에 측정할 수 있는 강력한 도구가 생긴 셈이다. 이와 같은 발전은 기실 NMR 분광학의 오랜 역사에 단단히 뿌리를 내리고 있다. 이 기법의 성공은 자연 상태 구조를 수용액 내에서 결정할 수 있는 능력에서 기인하는데, 이는 심지어 X선 결정학이 고체 상태에서 얻은 구조 정확성과 비교할 만한 구조 정확성을 주기도 했다. 반면 X선 결정학과의 차이점으로는, NMR 분광학은 넓은 범위의 시간 규모에서 수용액 상의 단백질 동역학을 조사할 수 있다는 것이다(보충설명 1, 위). 화학적 이동(chemical shift)과 잔기 이극 결합(residual dipolar coupling)은 밀리초 시간 범위까지 포괄하는데, 이로써 리간드 결합과 다른 자리 입체성(allostery)에서부터 촉매와 단백질 접힘까지의 화학 과정들을 검출할 수 있다. 핵 오버하우저 효과(nuclear Overhauser effect; NOE)나 세로(R1) 및 가로(R2) 이완 과정을 이용하는 다른 NMR 측정 기법들은 피코초에서 나노초 시간 범위를 측정할 수 있고, 곁사슬의 회전과 국지적 움직임에 대한 정보를 제공한다. 상자성 이완 증강(paramagnetic relaxation enhancement; PRE)과 전자 상자성 공명(electron paramagnetic resonance; EPR) 실험들은 밀리초 시간 범위의 동역학을 알려주고, 이는 보통 접힘 중간체들과 리간드 결합 과정에 해당한다. 밀리초 시간 범위를 살펴보는, NMR R1r 회전 좌표계 이완과 Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) 실험들은 접힘과 결합 중간체에 대한 정보를 제공한다. NMR 기법들로 도달할 수 있는 가장 긴 시간 범위로, 실시간 NMR과 수소-중수소(H-D) 교환 데이터는 초 단위 시간 범위를 넘어가는 동역학을 관찰할 수 있고, 이는 복합체 단백질의 접힘에 해당한다. 게다가, NMR 측정 기법들은 단백질의 구조 요동을 평균한 값을 알려주기 때문에, 이들은 이 분자들이 차지하고 있는 서로 다른 구조들(즉, 구조의 통계적 모음)을 결정함으로써 평형 동역학에 대한 정보를 제공할 수 있다(보충설명 1). 특별히 NMR 분광학은 자체적으로 매우 동적이고 결정화(crystallization)될 수 없는 상태들에 대한 구조 정보를 제공하는 데 중요한 역할을 하고 있다. 그리고 NMR 분광학을 이용하여 서로 다른 상태들 사이의 전이율을 결정하는 것이 점차 가능해지고 있고, 그 결과 비평형 동적 과정에 대한 분석 역시 가능해지고 있다(보충설명 1).

구조의 통계적 모음을 결정하는 데 겪는 어려움
단백질 구조의 통계적 모음을 정확히 결정하는데 NMR 분광학이 뛰어난 잠재성을 보여준 것은 사실이나, 이 일은 여전히 무척 어렵다. 대부분의 경우, 실험 데이터는 모든 접근 가능한 상태들에 대한 가중치 평균값을 보여주는데, 여기서 이 측정된 평균값으로부터 각기 다른 상태들을 분해해야 하는 '분해 문제'가 생긴다. 게다가, 이 평균값들이 주는 정보(보통 다른 종류의 실험들로부터 구한다)는 매우 적은데, 예를 들어 몇 가지 결합 각도나 원자간 거리를 줄 뿐으로, 이 정보들은 서로 일관성 있게 조합되어야 한다. 끝으로, 실험 데이터는 무작위적인 그리고 체계적인 오차의 영향 아래 있고, 컴퓨터 시뮬레이션에서 사용되는 에너지 함수들은 단백질과 용매를 구성하는 원자들 간의 실제 상호작용에 대한 근사에 불과하다. 따라서 다양한 종류의 실험 데이터를 기존에 알고 있는 지식(예를 들어 역장 force field의 지식)과 조합하여 구조의 통계적 모음을 모델링하도록, 다양한 수준의 복잡성을 가진 여러 기법이 개발되어 왔다. 이 기법들을 적용하여 만든 통계적 모음들은, 기능적으로 영향을 줄 수 있는 작은 수준의 자연 상태 요동부터 무질서한 단백질들이 차지하고 있는 구조적으로 서로 다른 상태들 사이를 오가는 큰 규모의 움직임까지, 다양한 수준의 동역학이 존재함을 보여주었다.

구조의 통계적 모음을 수집하자
매우 일반적으로 말하면, 통계적 모음을 모델링하는 어느 기법이라도 다음과 같은 몇 가지 요소를 고려할 수 밖에 없다. (1) 결과로 나오는 구조의 통계적 모음의 질. 특히 이로부터 뽑아낼 수 있는 정보의 양. (2) 사용 가능한 실험 데이터의 양과 질. (3) 기법을 적용하는데 드는 시간과 자원. 단백질 데이터 은행(Protein Data Bank; PDB)에는 매우 적은 수의 구조의 통계적 모음만이 포함되어 있다. NMR 분광학으로 결정된 단백질 구조들의 경우 종종 해당 NMR 데이터를 설명할 수 있는 여러 모델들의 정보를 같이 입력하기는 하나, 서로 다른 상태들의 통계적 집단까지 포함시키지는 않는다. 따라서, 이는 '통계적 모음'이라기보다 '불확실성 모음'이다. 이 문제를 해결하기 위해, 최근 단백질 통계적 모음 데이터베이스(Protein Ensemble Database; PED)가 만들어졌다. 하지만, 여전히 그 데이터의 수는 매우 적은데(현재 24개), 이는 정확히 구조의 통계적 모음을 계산하는 것이, 계산 자원과 필요한 실험 데이터의 양과 질의 두 가지 측면에서 모두 매우 부담스러운 일이기 때문이다. 또한, PED에 있는 많은 구조 모음들이 아직 통계적 분포에 대한 정보를 포함하지 않고 있기에 단백질이 가장 많이 분포하는 상태들을 찾아내기가 힘들다. 전반적으로 말해, 통계적 모음을 결정하는 것은 여전히 벅찬 일이지만, 정확한 실험 및 이론 기법들이 점차 늘어나고 있을 뿐 아니라 컴퓨터의 계산 능력 또한 급격히 성장하고 있기에, 단백질의 수용액 속 성질들을 단순한 정적 상태보다 포괄적으로 기술할 수 있는 구조의 통계적 모음을 수집하는 큰 보관소가 장차 개발될 것이라는 기대를 할 수 있다.

2차원 통계적 모음
앞에서 묘사한 바와 같이 ('3차원') 구조의 통계적 모음을 결정하는 데 겪는 어려움들을 고려해 보면, 이와 다른 전략은 '2차원 통계적 모음'에 집중하는 것이다. 2차원 통계적 모음은 단백질의 매우 동적인 상태의 쓸모있는 성질들에 대한 정량적인 정보를 줄 수 있는 동시에, 일반적으로 계산이 더 쉽다. 한 가지 예로써, 단백질 질서 및 무질서 데이터베이스(Protein Order and Disorder Database; PODD, http://www-mvsoftware.ch.cam.ac.uk/index.php/podd)에는 약 5천 개의 단백질에 대해 δ2D 방법으로 측정한 NMR 화학적 이동으로부터 직접적으로 결정된 2차 구조 분포에 대한 2차원 통계적 모음들이 모여 있다. 인간 프리온 단백질 구조의 통계적 모음(그림 1a)과 이에 대응하는 2차 구조 분포(그림 1b)를 예로 비교해 보자. 이 2차원 통계적 모음들이 원자 좌표의 확률 분포나 3차 접촉에 대한 정보를 주지는 않지만, 국지적 안정성과 구조 불균일성에 대한 유용한 예측치를 제공한다. PODD에 모여있는 잔기들의 많은 양은 α 나선과 β 가닥을 모두 만들 수 있는 단백질의 불균일한 영역에 존재한다(그림 1c). 2차 구조 분포를 이용하는 주된 이점은 이 분포를 결정하는 것이 계산적으로 비싸지 않고, 뼈대의 화학적 이동은 보통 쉽게 측정할 수 있다는 것이다. 게다가, 화학적 이동을 측정할 수 없을 때라도, 2차 구조 분포는 (예를 들어 s2D 방법론을 써서) 아미노산 서열로부터 예측할 수 있다.

PODD 단백질들의 구조적 특성을 분석해 보면 질서와 무질서 사이의 연속체 개념을 잘 드러낸다. 질서와 무질서 사이의 어떠한 구분도 절대적이지 않고, 둘 사이의 연속성을 깨기 위해 분포상에 임의로 도입한 기준값에 의존한다. PODD 안에 있는 가장 동적인 영역들(NMR 측정에서 유도된 분포)이 보통 전통적으로 무질서하다고 정의되던 영역과 유사하다는 것을 확인하기 위해, 우리는 이들이 현존하는 무질서 예측 프로그램들로 발견될 수 있는지 시험해 보았다. PODD 안의 2차원 통계적 모음들에 대한 이 무질서 예측값들을 서로 비교하기 위해, 우리는 분포에 기준값을 도입했다. 이에 따라 우리는 최소한 L개의 연속된 잔기의 α 나선과 β 가닥 분율이 모두 0.5보다 작다면 해당 영역을 무질서하다고 정의하였고, 서로 다른 L값에 대해 다양한 예측 프로그램들의 균형 정확도(balanced accuracy)를 계산하였다. 그 결과로 얻은 정확도는, 무질서를 전자 밀도 정보가 없는 영역으로 정의한 더 큰 데이터 집합에 대해 얻은 값과 크게 다르지 않았고, 이로써 전통적인 질서-무질서 이분법 정의들이 PODD가 제공하는 연속체 정량법 안에 포함되어 있음을 알 수 있다.

현재의 어려움과 기회들
사용 가능한 NMR 기법들이 늘어나면서 복잡한 분자 시스템도 연구할 수 있게 되었다. PODD 주석과 같은, 단백질의 평형 동역학에 관한 정량적 묘사는 연구 중인 단백질의 기능적 상태를 유추하는데 사용될 수 있다. 예를 들어 트로포닌(troponin) I의 심장 동형 단백질의 경우(그림 2a), 2차 구조 분포로부터 어떻게 결합 상대가 존재함으로써 질서와 무질서 상태 사이의 평형을 이동하는지 알 수 있다. 이런 종류의 분석은 기능적으로 의미 있는 영역을 밝혀내고 구조적인 특성을 찾아내는 데 사용될 수 있다. 또한, 세포 내 NMR 분광학의 발전으로 박테리아 및 포유류 세포 단백질의 구조와 동역학을 연구하는 것이 점차 가능해지고 있다. PODD에서 사용된 화학적 이동 분석법은 이미 이런 연구에 적용되고 있으며, 단백질의 생물학적 맥락 속에서 그 구조를 빠르게 연구하게 해준다. 게다가, 이 방법으로 결정된 2차 구조 분포는 훨씬 통제된 시험관 내 실험들에서 측정된 분포와 비교하여 세포 내의 의미 있는 상태들을 밝혀내는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, 세포 내 알파-시누클레인(α-synuclein)의 2차 구조 분포는 시험관 내에서 단량체 단백질이 홀로, 혹은 라우로일사르코신산 소듐(sodium lauroyl sarcosinate; SLAS) 마이셀과 결합한 형태일 때 측정된 분포와 비교할 수 있다(그림 2b). 이 비교를 통해 세포 내 알파-시누클레인의 2차원 통계적 모음이 본질적으로 시험관 내의 단량체 단백질의 통계적 모음과 같다는 것을 알 수 있으며, 이는 다른 NMR 측정을 통해 포유류 세포 속에서 최근에 관찰된 결과와 일치한다. 게다가, NMR 분광법을 라이보좀-미완성 사슬 복합체(ribosome-nascent chain complex; RNC 복합체)와 같은 복잡한 초분자 시스템의 동역학을 관찰하는 데 사용하는 것이 점차 가능해지고 있다. 면역글로불린 유사 도메인(imuunoglobulin-like domain)의 동시 번역 접힘(cotranslational folding)에 관한 최근 연구에서 RNC 복합체는 분리된 도메인의 접힌 상태 β 가닥에 비해 약간 더 불안정한 β 가닥를 가지고 있음이 밝혀졌고, 이로써 이 도메인은 라이보좀에 묶여 있을 때에도 본질적으로 접혀 있음을 알 수 있다(그림 2c).

[그림 2] 2차원 통계적 모음을 통해 단백질의 질서와 무질서를 동시에 정량화하기.

(a) 트로포닌 I 심장 동형 단백질의 N 말단 영역(cTnI[1-73]). 수용액 상태(위 패널, BMRB ID bmr25118)와 심장 트로포닌 C(cTnC)에 결합된 상태(아래 패널, bmr25119). (b) 세포 내 NMR 실험으로 찾아낸 알파-시누클레인의 α 나선과 임의 고리 분포(bmr19257)와 정제된 단백질의 해당 분포. 정제된 단백질은 수용액 상태의 단량체 상태(bmr6968)와 SLAS 마이셀에 결합된 상태(bmr16302)에서 측정되었다(그림의 범례를 보라). 통계적 모음에서 빠진 점들은 배정된 화학적 이동을 보이지 않는 잔기들에 해당한다. 이 분석을 통해 알파-시누클레인이 세포 내에서 분포하는 상태가 막에 결합한 상태보다 해당 단량체의 무질서한 상태와 더 유사함을 알 수 있고, 이는 최근의 발견과 완전히 일치한다. (c) 라이보좀-미완성 사슬 복합체의 일부인 면역글로불린 유사 도메인의 β 가닥과 임의 고리 분포(bmr25748). 분리된 도메인의 자연 상태 및 변성된 상태와 비교하였다(bmr15814, 범례를 보라).

전망
우리의 의견으로는, 이제 수용액 내 단백질의 동역학을 효과적으로 드러낼 수 있는 더 강력한 정량적 구조 방법론과 주석을 개발하는데 도전할 때가 무르익었다. 앞서 기술한 PODD 데이터베이스는 2차 구조 분포의 정의로부터 얻어낸 구조와 평형 동역학을 포괄하는 정량적인 주석 시스템을 제공함으로써 이 방향으로의 진일보를 나타낸다. 우리는 가까운 미래에 이러한 주석 시스템들의 정보와 정확도를 늘리는 일이 가능할 것이라고 본다. 3차 접촉을 직접 측정할 수 있는 실험 데이터를 더 많이 구하는 것이 한 가지 실행 가능한 전략으로, 이로써 구조의 통계적 모음을 결정할 수 있는 통합적 구조 생물학 방법론으로 점차 가까이 나아갈 수 있다. 이를 보완하는 전략으로, 추가 실험 없이 더 많은 선험적 지식을 통합하는 전략이 있다. 이 방법론은, 예를 들어 현재 NMR 화학적 이동 데이터로부터 구조를 예측하는 방법론들이 하는 것과 같이, 점차 늘어나고 있는 접근 가능한 구조 데이터나 점차 정확해지고 있는 역장들을 활용하는 식으로 적용될 수 있다. 따라서 우리는 NMR 분광학을 다른 실험 및 계산 접근법들과 접목하여 사용하면 점차 단백질의 구조 및 동역학 분석을 대규모로 해낼 수 있으리라 전망한다. 구조와 동역학을 동시에 하나의 틀 안에 포함하는 능력은 단백질 내의 질서와 무질서가 갖는 생물학적 역학을 이해하는데 도움을 줄 것이며, 기능, 상호작용, 다른 자리 입체성 조절의 기본 메커니즘들과 신약 개발의 새로운 방법론을 밝혀내는 추가적인 기회들을 제공할 것이다.


바이러스에 관한 흥미로운 계산 생물리학 연구. 한 때 나도 바이러스 진화 연구를 하긴 했었지... 요번에는 본문에서 대표적인 그림 두 개를 뽑아 번역하여 수록하였다. (그림을 예쁘게 다듬는 건 너무 힘들어서 포기)

바이러스를 만드는 데 드는 에너지 비용

중요성
바이러스의 에너지 원천은 온전히 그 숙주뿐이다. 많은 수의 실험 연구 덕분에 바이러스가 숙주의 대사 과정을 재구성하고 침투할 수 있다는 것은 알려졌지만, 아직 감염의 에너지 정보는 정량적으로 알려져 있지 않다. 하지만 바이러스 감염의 에너지 정보는 바이러스학 내의 더 넓은 진화적/물리학적 질문의 핵심에 놓여 있다. 이 논문에서는 서로 다른 바이러스 경로에 따른 에너지 비용을 계산함으로써, 바이러스 진화의 정량적 예측을 가능하게 했다. 예를 들어, 대부분의 바이러스에게 있어 번역 과정이 바이러스를 만드는 데 가장 큰 비용을 차지한다는 것을 예측할 수 있고, 또한 유전자 부동(genetic drift)이 아니라 선택이 바이러스 지놈에 등장한 새로운 유전 요소의 운명을 결정한다는 것을 예측할 수 있다.

초록
바이러스는 자생적으로 에너지를 만들어 낼 수 없다. 비록 많은 실험 연구로 인해 바이러스가 숙주의 분자 자원을 훔쳐 쓰는 기생체라는 것은 분명해졌지만, 바이러스 합성의 에너지 비용에 대한 구체적인 추산치는 거의 알려진 바 없다. 바이러스가 숙주로부터 훔쳐 쓰는 에너지 비용을 정량화하기 위해, 우리는 T4 바이러스와 독감 바이러스라는, 매우 다른 두 가지 대표적인 DNA와 RNA 바이러스에 대해 이 비용을 추산하였다. 그리하여 이 바이러스들의 경우 바이러스 단백질의 번역 과정이 에너지적으로 가장 비싼 과정임을 알아냈다. 흥미롭게도, T4 파지를 만드는 비용과 독감 바이러스를 만드는 비용은 거의 동일했다. 그러나 독감 바이러스의 더 높은 방출량(burst size) 때문에, T4 파지 감염에 드는 전체 비용은 독감 바이러스 감염에 드는 비용에 비해 2-3% 밖에 되지 않았다. 숙주의 전체 에너지 예산과 비교하여 감염된 숙주가 들여야 하는 감염으로 인한 비용을 계산해 보면, T4 감염은 숙주 에너지 예산의 1/3을 쓰는 반면, 독감 감염은 예산의 1% 밖에 소모하지 않는다. T4에 관한 추산치로부터 우리는 이중나선 DNA 파지의 에너지 비용이 껍질 단백질의 크기에 어떻게 비례하는지를 보였고, 이로써 바이러스를 만드는 데 드는 주된 비용이 임계 크기를 넘어가면 번역 과정에서 유전자 복제 과정으로 바뀔 수 있음을 보였다. 끝으로, 바이러스의 에너지 비용에 관한 우리의 예측에 기반하여, 우리는 에너지 제한 조건 하에서 바이러스 지놈 상에 새로 등장한 유전 요소에 작용하는 선택과 유전자 부동의 크기를 추산하였다.

그림
1 (왼쪽): T4 파지 감염의 에너지 정보. 바이러스 생산에 필요한 과정의 직접적인 비용과 전체 비용은 아래첨자로 구분할 수 있다(직접적인 비용은 PD, 전체 비용은 PT로 표시). 전사 과정(3번 단계), 번역 과정(4번 단계), 지놈 복제 과정(5번 단계), 지놈 포장(7번 단계)에 필요한 에너지를 표기하였다.
2 (오른쪽): 독감 감염의 에너지 정보. 바이러스 생산에 필요한 직접적인 비용과 전체 비용은 아래첨자로 구분할 수 있다(직접적인 비용은 PD, 전체 비용은 PT로 표시). 바이러스 침투(2, 3번 단계), 세포 내 이동(4, 5, 9번 단계), 전사 과정(6번 단계), 번역 과정(7번 단계), 지놈 복제 과정(8번 단계), 바이러스 방출(10번 단계)에 필요한 에너지를 표기하였다.


며칠 전 <사이언스>에 실린 리뷰 기사. 우리 집 멍멍이를 보면 내가 더 냄새 잘 맡는 것 같긴 함 ㅋㅋ 리뷰 전체를 번역하긴 힘들고, 그냥 뉴스 글과 리뷰 요약을 번역한다.


인간의 후각이 뒤떨어진다는 것은 19세기에 만들어진 신화다

http://dx.doi.org/10.1126/science.aam7263


편집자 요약: 인간은 냄새를 잘 맡는다

인간의 후각은, 다른 동물들의 후각과 비교할 때, 더 약하고 미성숙하다고 널리 알려져 있다. 하지만 이는 증명된 적 없는 가설이다. 이 리뷰에서 McGann은 이 거짓 신념의 기원을 19세기에 Broca에 의해 수행된 비교 신경해부학 연구까지 추적한다. 우리가 인간의 후각 망울(olfactory bulb)에 관해 현재 알고 있는 것은 쥐의 후각 망울에 비해 더 크다는 것이고, 따라서 인간은 쥐보다 더 우월한 후각을 가지고 있을 가능성이 더 높다. 실제로, 후각 망울에 있는 신경 세포의 수는 포유류 스물네 종에서 거의 유사하고, 인간은 그 분포의 중간 쯤에 위치하며, 우리의 후각은 다른 동물들의 후각과 유사하다.


배경

인간의 후각 기능이 다른 동물들, 특히 설치류와 개에 비해 떨어진다는 것은 널리 퍼진 믿음이다. 이 리뷰에서는 이 신념의 과학사를 추적하여 19세기의 신경해부학자인 Paul Broca까지 거슬러 올라간다. 그는 인간을 "열등후각자"로 분류했는데, 이는 어떠한 감각 시험에도 기반하지 않았지만 그는 인간의 전두엽이 팽창하여 자유의지를 갖게 된 것으로 인해 후각계가 축소되었을 것이라고 믿었기 때문이었다. 그는 특히 인간 뇌의 후각 망울이 뇌 전체의 크기에 비해 작다는 것을 강조했고, 다른 포유류는 후각 망울이 비율상 더 크다는 것을 지적했다. 인간은 기능이 저하된 후각계(훗날 "극소 후각 microsmaty"으로 불리게 된다)를 가지고 있다는 Broca의 주장은 Sigmund Freud에게 영향을 주었고, Freud는 후각계의 위축으로 인해 인간이 정신 질환을 앓게 된다고 주장했다. 인간의 극소 후각 개념으로 인해 대부분의 20세기 동안 인간의 후각 시스템은 과학계에서 무시되었으며, 오늘날에도 많은 생물학자, 인류학자, 심리학자들은 인간이 덜 떨어진 후각을 가지고 있다는 잘못된 신념을 가지고 있다. 인간의 후각계가 가진 독특한 성질들을 드러내는 유전학과 신경생물학 데이터는 이 극소 후각 추정에 기반하여 잘못 해석되기 일쑤며, 의료 현장에서 인간의 후각이 잘못 작동할 때 미치는 영향이 과소평가되곤 한다.


진전

비록 인간의 후각계가 다른 포유류 종의 후각계와 생물학적 차이점을 몇 가지 보이기는 하나, 신경생물학과 감각 능력 관점에서는 일반적으로 유사하다. 예를 들어, 인간의 후각계는 설치류에 비해 기능성 후각 수용체 유전자를 덜 가지고 있지만, 인간의 뇌는 훨씬 복잡한 후각 멍울과 안와전두피질(orbitofrontal cortex)를 가지고 있어 약 400개의 수용체 종류로부터 오는 정보를 해석할 수 있다. 후각 멍울은 인간의 경우 뇌 전체 크기에 대한 비율이 설치류에 비해 작기는 하나, 포함하고 있는 신경 세포의 수는 비슷하고, 실제로 절대적인 크기로 보면 훨씬 크다. 따라서, 인간이 진화함에 따라 뇌의 나머지 부분이 더 커질 동안 후각 멍울이 작아진 것은 아니다. 인간과 다른 동물들의 후각 능력을 실험적으로 비교한다고 할 때 우리가 중요하게 살펴봐야 하는 점은, 실험 결과가 실험에 사용한 냄새의 종류에 크게 의존한다는 점이다. 이는 아마도 각 생물종마다 발현되는 냄새 수용체의 종류가 다르기 때문일 것이다. 충분히 많은 가짓수의 냄새로 실험한다면, 인간은 실험실 설치류와 개와 비교할 때 어떤 냄새는 더 잘 맡고 다른 냄새에는 더 둔감하다. 다른 동물들과 마찬가지로, 인간은 어마어마한 수의 냄새를 구분할 수 있고, 야외에서도 냄새의 흔적을 따라갈 수 있다. 인간의 행동과 감정 상태 역시 냄새 환경에 큰 영향을 받는다. 냄새 환경에 따라 격렬한 감정적 및 행동적 반응을 보일 수 있고, 오래된 기억을 되살릴 수도 있다. 냄새가 매개하는 개체간 의사소통은 한 때 "하등 동물"에만 한정된 것으로 여겨졌지만, 이제 인간에서도 (비록 다음 정보를 의식적으로 다루는 것은 아닐지라도) 가족 관계, 스트레스와 불안 레벨, 생식 상태 등에 관한 정보를 전달하는 도구로 이해되고 있다.


전망

인간의 후각계는 점차 매우 동적인 것으로 파악되고 있다. 후각의 민감도와 구분 능력은 주위 환경의 냄새와 같은 다양한 경험에 의해 변할 수 있는데, 심지어 실험실에서 다른 자극으로부터 냄새를 연상하는 훈련을 받은 것만으로도 변할 수 있다. 이러한 유연성에 대한 신경생물학적 토대는 이제 막 이해 단계에 들어섰는데, 여기에는 말초 후각 수용체의 조절과 같은 "상향성" 요소들과 감정적 및 인지적 상태에 따른 감각 변화와 같은 "하향성" 요소들이 포함된다. 사회적 상호작용에 영향을 미치는 후각 커뮤니케이션의 역할 역시 활발히 연구되고 있다. 이 분야의 예로서는 후각 신호를 통한 감정의 사회적 확산 같은 것이 있다. 마지막으로, 후각 손상은 파킨슨 병이나 알츠하이머 병과 같은 일부 신경퇴행성질환의 중요한 지표가 될 수 있다. 후각에 나타나는 증상으로 신경계의 다른 부분에 존재하는 문제(예를 들어 정신 질환)를 알아낼 수 있는 새로운 실험들이 필요하다. 인간의 후각이 다른 동물들에 비해 퇴행했다는 생각은 19세기에 만들어진 신화다.

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